ตัวควบคุมการบินซึ่งเป็นสมองของ UAV มีหน้าที่ในการประมวลผลข้อมูลการบินและดำเนินการคำสั่งการบิน โดยทั่วไปแล้วตัวควบคุมการบินระดับไฮเอนด์-จะมีโหมดการบินหลายโหมด (เช่น โหมดการกำหนดตำแหน่ง GPS และทัศนคติ) และความสามารถในการหลีกเลี่ยงสิ่งกีดขวางอันชาญฉลาด ทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานระดับมืออาชีพ โมดูล GPS ให้ข้อมูลตำแหน่งที่แม่นยำ ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งสำหรับสถานการณ์ที่ต้องการการระบุตำแหน่งที่มีความแม่นยำสูง- เช่น การถ่ายภาพทางอากาศและการสำรวจ
